Pro rajoną teka Suvalkijos Nemunu vadinama Šešupės upė su kairiaisiais intakais Rausve ir Širvinta, Liepona ir kitos upės, upeliai, šiame krašte daug įspūdingų piliakalnių. Rajone yra daugiau nei 60 ežerų, gražiausi – Paežerių, Dotamų, Vygrelių, Alvito bei vienas giliausių ir didžiausių Lietuvoje – Vištyčio ežeras. Didžiausias miškas – Vištytgiris. Nors Suvalkija yra lygumų kraštas, tačiau Vilkaviškio rajonui būdinga reljefo įvairovė. Šiame rajone yra ne tik gausu vandens telkinių, gamtos grožybių, bet ir jaukių kaimo turizmo sodybų, kurios gali pasiūlyti nuostabų poilsį šio rajono apylinkėse.
